云南省河川纵横，湖泊众多。全省境内径流面积在100平方千米以上的河流有1002条，分属长江（金沙江）、珠江（南盘江）、红河（元江）、澜沧江（湄公河）、怒江（萨尔温江）、大盈江（伊洛瓦底江）六大水系。红河和珠江均发源于云南省境内，其余为过境河流。除长江、珠江外，均为国际河流，分别流往越南、老挝、缅甸等国家，也统称西南国际河流。多数河流具有落差大、水流湍急、水流量变化大的特点。

云南省有有高原湖泊40多个，多数为断陷型湖泊，大体分布在元江谷地和东云岭山地以南，多数在高原区内。湖泊水域面积约1100平方千米，占全省总面积的0.28%，总蓄水量1480.19亿立方米。滇池、洱海、抚仙湖、程海、泸沽湖、杞麓湖、星云湖、阳宗海、异龙湖是云南著名的“九大高原湖泊”。湖泊中滇池面积最大，309.5平方千米；洱海次之，253平方千米；抚仙湖深度全省第一，最深处158.9米；泸沽湖次之，最深处105.3米。

（1）红河

红河是唯一发源于云南境内的一条重要国际性河流，因流域内上游支流多流经紫红色砂岩为主的滇中红层区，水呈红色而得名。红河是云南最重要的地理分界线，是云南滇西横断山纵谷区和滇东高原南部的分界线。其流经中国云南的大理、楚雄、玉溪、红河4个州（市）的17个县（市）级行政区和越南北部的12个省，全长1280千米，在云南境内全长695千米，主要支流有绿汁江、小河底河等，流域内均以峡谷景观为主，其中南溪河与元江交汇处海拔仅76.4米，为全省最低点，与省内海拔最高点梅里雪山的卡瓦格博峰高差6663.6米。

（2）怒江

怒江是中国西南地区的大河流之一，发源于青藏高原唐古拉山南麓的吉热拍格怒江傈僳族自治州，经察瓦龙进入云南，一路向南进入缅甸后，改称萨尔温江，在仰光东侧注入印度洋的安达曼海。因怒江由北向南纵贯全境而得名。其全长3200千米，在中国境内长约2013千米，云南段长650千米；省内流域面积占云南省面积的8.7%。

（3）澜沧江

澜沧江发源于青藏高原，在云南西双版纳流出国境后，被称为湄公河，连接着缅甸、老挝、泰国、柬埔寨、越南五个国家，是亚洲唯一一江连六国的国际河流，也是东南亚第一长河。在古傣语中，它的名字意为“神奇而美丽的乐土”。澜沧江全长4880千米，滋养着流域约80万平方千米内的3.26亿人，被誉为“东方多瑙河”。

（4）洱海

洱海位于云南省大理白族自治州大理市北部，南北长41.5千米，东西宽3~9千米，周长116千米，面积251平方千米。虽然称之为海，但其实是一个湖泊。在古代文献中曾被称为“叶榆泽”“昆弥川”“西洱河”“西二河”等，因形状似人的耳朵而取名为“洱海”。洱海属澜沧江水系，北有弥苴河和弥茨河注入，东南汇波罗江，西纳苍山十八溪水，湖水从西洱河流出，与漾江汇合注入澜沧江。

（5）滇池

滇池位于昆明市区西南，是云南省面积最大的高原湖泊，也是中国第六大淡水湖，有着“高原明珠”之称。湖水面积约310平方千米。湖呈狭长形，湖面海拔平均约1886米。湖水平均深约5米，北部草海较浅。流域面积（不包括海口以下河道流域面积）2960多平方千米。

（6）泸沽湖

泸沽湖，位于四川省盐源县与云南省宁蒗县交界处，为川滇共辖，最大水深93米，能见度达12米，是中国最深的高原淡水湖之一。泸沽湖周边主要居住着摩梭人、彝族和普米族，沿岸居住有蒙古族7种民族，约1.3万人。优美的自然环境和奇特的民族风情，使这里成为著名的旅游景区。

（7）抚仙湖

抚仙湖位于云南省中部，属珠江流域南盘江水系，因湖水清澈见底、晶莹剔透，被古人称为“琉璃万顷”。湖面积212平方千米，仅次于滇池和洱海，为云南省第三大湖。最深处为155米，是云南省第一深水湖泊。抚仙湖是中国最大的深水型淡水湖泊，因距昆明50多千米，车程1个小时左右，被称为昆明人的“私藏后花园”“后海”。抚仙湖有“四绝”，一绝界鱼石、二绝车水捕鱼、三绝青鱼阵、四绝铜锅煮鱼。